Bij een breed publiek werd Geert Mak bekend met zijn Hoe God verdween uit Jorwerd (1996), een klassieke beschrijving van de snelle teloorgang van de Europese boerencultuur. Zijn meest populaire boek verscheen in 1999: De Eeuw van Mijn Vader, een geschiedenis van Nederland in de twintigste eeuw, een geschiedenis die nauw verweven is met zijn eigen familiegeschiedenis. Van De Eeuw werden meer dan een half miljoen exemplaren verkocht en werd vertaald in het Duits en Hongaars. In 2004 verscheen het boek: In Europa. Ook dat was een enorm succes. Er werden meer dan 350.000 exemplaren verkocht. Het werd vertaald in het Duits, Hongaars, Italiaans, Spaans, Frans, Engels, Pools en Turks. Voor 2007 schreef Geert Mak het Nationale Boekenweekgeschenk. In augustus 2012 verscheen Reizen zonder John. Op zoek naar Amerika. Hij volgt daarin het spoor van de legendarische schrijver John Steinbeck, die in het najaar van 1960 met zijn poedel Charley een ontdekkingsreis maakte dwars door het toenmalige Amerika. Zijn tocht beschreef Steinbeck in de klassieker Reizen met Charley. Geert Mak maakte diezelfde reis in 2010, precies vijftig jaar later.

Geert Mak kreeg tweemaal de Publieksprijs, voor het beste Nederlandse boek. In 2000 voor De Eeuw en in 2004 voor In Europa. In diezelfde periode werd hij ook tweemaal gekozen tot historicus van het jaar.